Poika raidallisessa pyjamassa on tarina 9-vuotiaasta Brunosta, jonka isä on natsiupseeri. Perhe muuttaa isän työn takia keskitysleirin liepeille Auschwitziin. Brunosta on kurjaa jättää koti ja leikkikaverit, eikä hän viihdy uudessa asuinpaikassa. Ikävyyttä poistaakseen hän alkaa tehdä tutkimusretkiä lähiympäristöön ja ystävystyy salaa vanhemmiltaan aidan toisella puolella olevan juutalaispojan Shmuelin kanssa.

Shmuelin isä on kadonnut, ja pojat päättävät yhteistuumin etsiä hänet. Shmuel lainaa Brunolle raidallisen pyjaman, jotta tämä ei herättäisi huomiota aidan toisella puolella. Bruno pukeutuu lainavaatteisiin ja pujahtaa aidan ali.